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芽孢桿菌屬（Bacillus），細菌的一屬，能形成芽孢（內生孢子）。它們對外界有害因子抵抗力強，分布廣，存在于土壤、水、空氣以及動物腸道等處。
芽孢桿菌屬細菌較大(4~10μm)，革蘭氏陽性、是嚴格需氧或兼性厭氧的有莢膜的桿菌。該屬細菌的重要特性是能夠產生對不利條件具有特殊抵抗力的芽孢。芽孢桿菌屬可分為以下亞群：多黏芽孢桿菌、枯草芽孢桿菌（包括蠟樣芽孢桿菌和地衣芽孢桿菌）、短芽孢桿菌和炭疽芽孢桿菌 。
芽孢桿菌具有耐高溫、快速復活和較強分泌酶等特點，在有氧和無氧條件下都能存活。在營養缺乏、干旱等條件下形成芽孢，在條件適宜時又可以重新萌發成營養體 。
芽孢桿菌在動物腸道中抑菌作用機理
添加芽孢桿菌能夠減少腸道中有害微生物的數量，同時提高腸道益生菌的數量。Han等（1984）研究發現，生長豬連續飼喂5周含有丁酸梭菌的飼料，排出的糞便中腸球菌和腸桿菌的數量顯著降低，而丁酸梭菌和乳酸桿菌的數量則顯著增加。關于芽孢桿菌的抑菌機理，目前主要有生物奪氧、菌群調整、生物拮抗、提高免疫功能和增強酶活性，防止動物腸道病原菌等多種說法。
芽孢桿菌為需氧菌，在生長過程中需要消耗大量的氧氣，該環境有利于乳酸菌、雙歧桿菌等厭氧菌的生長，抑制需氧腸桿菌的繁殖，從而減少消化道疾病的發生。Maruta等（1996）采用飼喂生豬含有10^7 CFU/g B. subtilis的日糧3周后發現，糞便中的厭氧菌如雙歧桿菌和乳酸桿菌數量顯著上升，而需氧菌如腸桿菌的數量顯著下降，其它病原菌如鏈球菌和產氣莢膜梭菌的數量也顯著下降。
