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養殖污染主要是指，動物排泄物收集困難、病死動物無害化處理不徹底以及養殖生產中附設物品等對周邊環境影響，包括水源污染、土壤污染和空氣污染等。如何利用動物微生態制劑處理養殖污染問題，這個是新課題，也是新方向。
動物微生態制劑是一種天然的生物活性制劑，無毒副作用、無耐藥性、無藥物殘留，通過促進腸道內有益微生物的生長，抑制有害微生物的生長繁殖，來調整維持胃腸道內的微生態平衡，達到預防疾病和促進生長的目的。
同時，這些微生物還可產生促生長因子、多種消化酶和維生素，進而促進營養物質的消化、吸收及動物的生長繁殖。
此外，這些微生物還能產生免疫調節因子和干擾素等免疫活性物質，刺激腸道局部免疫器官的生長發育，增強機體免疫力，從而防止各種疾病的發生，是一類新型綠色環保藥物，有望替代抗生素。
在飼料中添加微生態制劑，能有效降低畜禽糞便中氮、磷和微量元素的排泄量，從源頭減少污染物的排放，減輕畜禽糞便對環境的污染。在進行養殖生產的時候，當微生態制劑飼喂之后，其有益微生物一方面可以滿足微生物本身的協同作用，同時還可以提升腸道的活動功能，減少糞便的實際排出量，進而提升對于磷與蛋白質等物質的消化率；在動物的糞便中，磷的含量降低，產生的氮磷則可以滿足植物以及農作物的實際需求；另外，有效阻止外來有害菌的侵襲，對原本的腐敗菌群進行競爭性的排斥或者是抑制，這樣就可以減少蛋白質朝著胺、氨轉化，從而降低腸道內以及血液之中的含量，并且也可以避免糞便之中致病菌與氨等有害氣體排出，從而滿足舍內空氣質量的要求，并且還能夠減少對環境的污染。
